На занятии я построила структуры различных форм ДНК с помощью python и пакета 3DNA.
A-форма; B-форма; Z-форма.
Я выбрала A-форму для нахождения большой и малой бороздки. Рассмотрела цитозин (отмечен розовым в структуре) и расположение его атомов относительно бороздок. Красным цветом выделены атомы, смотрящие в сторону большой бороздки, синим - в сторону малой.
В таблице ниже представлены некоторые данные о разных формах.
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
|---|---|---|---|
| тип спирали | правозакрученная | правозакрученная | левозакрученная |
| шаг спирали (A) | 22.8 | 33.8 | 43.5 |
| число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| ширина большой бороздки (А) | 16,8 (A/DC`12-B/DT`31) | 17,2 (A/DG`13-B/DG`25) | 18,6 (A/DG`11-B/DC`28) |
| ширина малой бороздки (А) | 8,0 (A/DT`3-B/DC`32) | 11,7 (A/DC`12-B/DG`33) | 12,3 (A/DG`17-B/DG`25) |
| Первая цепь | Вторая цепь | Координаты стебля | |
|---|---|---|---|
| Акцепторный участок | 2-7 | 66-71 | 2-7, 66-75 |
| D-петля | 10-12 | 23-25 | 10-25 |
| Антикодоновая петля | 37-44 | 26-33 | 26-44 |
| T-петля | 49-53 | 61-68 | 49-68 |